No final do século XVII, o aldeamento, com vida social em vias de organização, foi entregue aos frades capuchinhos, que ali se conservaram até 1762. Com a instalação da Vila de São José do Rio Grande, em homenagem ao príncipe D. José Francisco Xavier, filho de D. Maria I, os administradores civis assumiram a direção do povoado.
O distrito foi criado por alvará de 03 de julho de 1758, e o município, com a denominação de São José, por alvará de 03 de maio de 1788, confirmado pela Carta Régia de 14 de setembro do mesmo ano. A instalação ocorreu em 22 de fevereiro de 1762. A Lei Provincial 125, de 16 de outubro de 1845, elevou a sede municipal a categoria de cidade, com o nome de Mipibu. Dez anos depois, passou a São José de Mipibu. Na divisão administrativa de 1911, o município, com a denominação de São José de Mipibu, figurou apenas com o distrito-sede, situação em que permanece.
